Borg Havn er et interkommunalt selskap (IKS), som eies av kommunene Sarpsborg, Fredrikstad og Hvaler. Morselskapet utgjør sammen med to datterselskap (Borg Havn Eiendom AS og Borg CO2) et konsern.
Selskapets vedtekter er en selskapsavtale som er forankret i de enkelte by- / kommunestyrer. Selskapsavtalen er utarbeidet i tråd med bestemmelser i lov om interkommunale selskap, og sier noe om selskapets formål, styrende organer og rammebetingelser.
Øverste organ i selskapet er representantskapet som består av tre medlemmer – ordførerne i deltakerkommunen med varaordførerne som personlig varamedlemmer. Representantskapet velger styremedlemmer, og det er opprettet en egen valgkomite som innstiller kandidater for representantskapet.
Funksjonstid for representantskapet er fire år og følger kommunevalgperioden. I henhold til Selskapsavtalen avholdes det eiermøte/representantskapsmøte i selskapet minimum to ganger årlig.
Representantskapet 2020-2024:
Jon-Ivar Nygård, ordfører Fredrikstad (leder)
Sindre Martinsen-Evje, ordfører Sarpsborg
Mona Vauger, ordfører Hvaler
Havnestyret 2020-2022:
Havnestyret består av seks medlemmer og en vararepresentant som møter fast. Styret velges for en funksjonstid på to år, med mulighet til ytterligere to perioder (seks år).
Det avholdes cirka seks møter i året.
| Navn | Posisjon |
| Trond Delbekk | Styreleder |
| Mariann Karlsen | Nestleder |
| Harald Rønneberg | Styremedlem |
| Tina Bergstrøm | Styremedlem |
| Anne Rønning | Styremedlem |
| Aleksander Eriksen | Styremedlem (ansatt representant) |
| Kurt Allan Hansen | 1. varamedlem (fast møtende) |
| Terje Lyngaas | 2. varamedlem |
| Mona Mathisen | 3. varamedlem |
| Charlotte Iversen | Vara ansatt representant |
Borg Borg Havn IKS er 100 % eier i to datterselskaper. Styresammensetningen er vist under:
Borg Havn Eiendom AS
Trond Delbekk (styreleder)
Mariann Karlsen
Terje Lyngaas
Borg CO2
Harald Rønneberg (styreleder)
Anne Rønning
Pål Mikkelsen